无论是西班牙人、葡萄牙人、尼德兰人还是英国人，都无法承受这样巨大的压力，对方体型庞大坚不可摧，发射的炮弹却是枚枚致命，这样的仗还怎么打。
在这个时候，联军指挥不统一的弊端就暴露了出来，各国舰队都只听自己的指挥官命令，而各国指挥官的想法却不一样。他们有的打算继续前冲，尽快摆脱这艘可怕的战舰，有的想要向岸边靠拢，让出铁甲舰冲锋的通道，有的则打算折返，尽快脱离狭窄的马六甲海峡。
在这样混乱的指挥下，又是在狭窄的马六甲海峡之中，舰队顿时出现了巨大的混乱。有的战舰上水兵为了壮胆胡乱开炮，结果摧毁了己方友舰，有的加速前冲却撞碎了前面友舰脆弱的艉楼，有的则在盲目转向中，被后方冲来的友舰直接切开了船腹。
宁波号铁甲舰这一顿猛打猛冲，也摧毁了二十多艘战舰，但比起因为他的搅局，自相摧残而沉默的军舰却是小巫见大巫了。当张名振指挥着宁波号铁甲舰穿透联军整个舰队阵型，他们这才发现对方似乎已经少了近三分之一。
张名振不甘心就这样接触进攻，他命令宁波号掉了个头，再次从尾部冲入了联军舰队之中。甘辉怎么可能放弃这样的好机会，他立刻率领第一战队杀了回来，他们就在联军舰队前方抢占了t字头位，对着已经无力前进的联军战舰一通猛轰。
很快联军舰队尾部也传来了隆隆的炮声，这在柔佛海峡绕行轰击陆地一圈之后的刘闯舰队，他们一出海峡口就发现了敌人的影子。面对着强大的联军舰队，刘闯没有丝毫退缩的意思，他率领着手下的几艘六号战船和二号福船，主动迎了上去。
因为是从后方发起进攻，联军舰队一时间难以对他们构成威胁，而刘闯则率领着舰队从后方轰击着处于联军舰队末尾的那些武装商船。这些武装商船上火炮数量很少，它们大部分都是用来装载步兵和各种物资的。
因为吃水太深速度慢，这些商船才逐渐被落在了后面，结果却便宜了刘闯这个煞星。六艘六号战船和六艘二号福船的战斗力并不算强，但对上这些体态臃肿严重超载，同时武器又少得可怜的武装商船已经足够了。
密集的炮弹很快击沉了三艘武装商船，然而刘闯突然发现这些武装商船之中有许多根本毫无还手之力。他立刻改变了策略，命令舰队只攻击那些载满各国陆军士兵的武装商船，让他们直接沉到海底去。至于那些水手数量不多，但船上装满各种物资的武装商船，则是跳帮作战的好目标。
很快第五战队的各艘战舰就找到了自己的目标，纷纷开始跳帮作战，而刘闯的旗舰则在外围游弋，掩护着其他战舰的跳帮。刘闯的做法非常聪明，在跳帮控制武装商船之后，直接将其横在海峡外全部落帆，封死对方的退路。
联军舰队遭到前后夹击，同时中部还有个横冲直撞的铁甲舰，所有战舰全都乱套了。慌乱中不少战舰自相撞击而沉没，有得甚至搁浅在岸边，整个联合舰队已经失去了战斗力。
看着已经彻底混乱的舰队，阿尔瓦公爵无力的闭上了眼睛，联军近四百艘战船有三十九艘武装商船被跳帮占领，七十一艘搁浅，一百一十七艘自相撞击而沉没，加上被炮击沉没的六十一艘战舰，剩下的九十四艘则全部选择了投降。
跨越万里之遥，来到亚洲希望能够一举摧毁明唐海军的庞大联合舰队，几乎被宁波号铁甲舰凭借一己之力摧毁了。尽管这并非欧洲各国真正的主力舰队，但也足够让各国伤筋动骨了，至少在三年之内，四国无法再派出一支相同规模的舰队，除非他们不顾本土安全。
幸好这次出征的联合舰队，集合了欧洲海军最强的四国战力，尽管他们全部损失掉了，但依然保持了海军力量的平衡，这一点还是幸运的。不过至少三年之内，他们只能眼睁睁的看着朱聿键麾下的唐军一点点蚕食他们的亚洲殖民地而毫无办法了。
这一战的胜利是决定性的，当狮城的阿方索总督和奎瓦总督得知本土援军舰队刚刚抵达就被全歼，尼德兰残余的亚洲舰队也选择了投降，他们已经彻底绝望了。在接下来的战斗中，西班牙和葡萄牙联军毫无斗志，被装备精良的唐军第一师打得节节败退，最终不得不举手投降让出了狮城，而位于马六甲海峡要塞内的葡萄牙守军见到总督都投降了，他们也不得不选择了投降。
马六甲要塞的失守，标志着整个东南亚海域遭到了唐军封锁，尼德兰人的香料群岛陷落只是时间问题，只不过明唐海军的最后准备工作尚未完成，尼德兰东印度公司的高层尚有一线喘息之机。
遭遇重创的第一战队选择了返航，他们要重新修补船体补充人员，而补充过来的第二战队和第三战队将接替他们驻守马六甲海峡，以监视巴达维亚的尼德兰人。张名振的宁波号铁甲舰同样选择了返航，这是它的第一次海战，虽然看上去所向无敌，但内部结构却出现了部分损伤。
根据随船工程师的检查，认为是铁甲直接铆接在木质船板上，造成了炮弹巨大的力度传导需要木制船壳支撑。虽然表面上钢甲毫无问题，但实际上如果承受了更多的炮弹，钢甲就算完好无损，内部结构也有可能遭到毁灭性破坏。
实际上这样的情况无可厚非，在平常的海战中，战舰一旦遭遇炮击，炮弹会击破侧舷船板而过，大部分的冲击力将随着船板的破碎而消减，但有了钢甲之后，所有的冲击力都需要船体吸收，这让木制船身难以支撑，所以才造成了这种情况。
船体出现问题的情况，在舰队抵达金兰湾之后，就利用有线电报通知了三门湾军港。接到这个消息的军用造船厂紧急停止了四艘三号战船的建造，准备等到彻底研究宁波号铁甲舰的损伤情况之后，对设计进行彻底的改造，然后再继续建造。